Diyanet İşleri Başkanlığı Stratejik Planı’nda ‘Dini ve kurumu tehdit eden unsurlar’ şöyle sıralandı:
* İslami alandaki farklı dini görüş ve yorumların ayrı bir din gibi gösterilmesi yönündeki gayret ve çalışmaların olması
* Dış dünyada ‘İslam’, ‘Müslüman’ ve ‘İslam Peygamberi’ hakkında olumsuz imaj oluşturulmaya çalışılması
* İlahiyat fakültesi kontenjan yetersizliği
* Başkanlığımıza eleman temin kaynağı olan İmam-Hatip Lisesi ve İlahiyat Fakültesi mezunlarının mesleki bilgi ve beceri bakımından takviyeye ihtiyaçlarının olması
* Yeterli teşkilat yasasının olmaması
* Kamu kurumu olarak Diyanet’in varlığının kimilerince devletin temel ilkeleri ile çatıştığı iddiası
* Milli birlik ve dini bütünlüğü olumsuz etkileyen yıkıcı ve bölücü faaliyetlerin olması
* Dini, ailevi değerleri yıpratan yayınlar
* Kimi çevrelerce zorunlu din öğretiminin kaldırılması taleplerinin olması
Kurumun ‘zayıf noktalar’ı da sıralandı:
* Bütçe imkânlarının kısıtlı olması, bütçenin tamamına yakınının sadece personel giderlerini karşılıyor olması
* Bazı bölgelerde görev yapan personelin lojman imkânlarının olmaması
* Personelin ve ailelerinin istifade edebileceği sosyal tesislerin olmaması
* Tüzel kişiliğinin olmaması nedeniyle mülk edinememesi, yönetiminden ve denetiminden sorumlu olduğu halde dini tesislerin mülkiyetlerinin farklı özel ve tüzel kişilere ait olması
* Dini tesislerin yapımı ve onarımında yetkili olunmaması
* Her camide kadro ve Diyanet görevlisinin bulunmaması.