Osmanlı Devleti'nde İslamiyet baskın din olmakla birlikte, İslam inancında "semavi dinler" olarak kabul edilen Musevilik ve Hıristiyanlık dinlerinin mensupları, millet sistemi sayesinde o dönemde batı ülkelerinde azınlık dinlerine gösterilen hoşgörünün üzerinde bir rahatlık içinde yaşamayı sürdürdüler. Hristiyanlığın Ortodoks ve Gregoryen kiliseleri millet sistemi içinde meşru bir şekilde örgütlenmiş durumdaydı. Bu inançlara mensup kişiler, kendi dini kurallarına göre yargılanırdı.
Buna karşılık millet sistemine dahil olmayan dinlerin, devlet içinde meşru bir varlığı bulunmuyordu.