Mantar hastalıkları, patolojide önemli bir yer tutar. Bunların verdiği rahatsızlık, frengi ve kansere kolayca karıştırılabilir. Başlıca mantar hastalıkları sporotrikoz, aktinomikoz, aspergilloz, pamukçuk v.b.dir. Deride görülen mantar hastalıklarının basında kellik gelir. Dölyolunda olan mantar hastalığı, şiddetli bir fere kaşıntısı ve peynirimsi görünüşte beyaz koyu bir akıntıyla kendini belli eder.

Hastalığa sebep olan mantarı önce mikroskopla inceleyip sonra kültürle üreterek tanımak, tedaviyi tayin için faydalıdır; tedavi ilâçla olabileceği gibi (iyot, boyalar, mantar öldürücüler), duruma göre ışınlarla da olabilir.

Bitkilerde ise çürüklük gibi (kestane çürüklüğü, tohum çürüklüğü, bitkinin her yanını saran genel mantar hastalıkları ve yaprakları (bağ mildiyusu, buğday pası), hattâ bazen ambarlarda saklanan tohum, yumru ve meyveleri de saran lokal mantar hastalıkları görülür.