“Kozmik Oda” soruşturmasının temeli, Genelkurmay’da çalışan biri binbaşı biri yarbay iki subayın Bülent Arınç’ın oturduğu Ankara’nın Çukurambar semtinde 19 Aralık 2009’da gözaltına alınmasına dayanıyor. İddiaya göre subayların birinde Arınç’ın adresini gösteren bir kroki vardı ve bu kişi kâğıdı yutmaya çalıştı. Bu durum da kamuoyuna Bülent Arınç’a suikast girişimi olarak yansıtıldı. Özel Yetkili Ankara Cumhuriyet Başsavcıvekilliği olayla ilgili soruşturma başlattı, iki subayın evi ile işyerinde arama yapıldı. Özel yetkili Ankara Savcısı Mustafa Bilgili’nin sorguladığı iki subay nöbetçi mahkeme tarafından serbest bırakıldı.
Genelkurmay Başkanlığı ise iddialarla ilgili yaptığı açıklamada, “Söz konusu askeri personel, bilgi sızdırdığı iddia edilen bir askeri personel hakkında bilgi topluyordu” dedi. Soruşturma kapsamında dönemin Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi Hâkimi Kadir Kayan tarafından 25 Aralık’ta Özel Harekât Komutanlığı içindeki Seferberlik Tetkik Kurulu’nda arama başlatıldı. Ertesi gün 8 subay gözaltına alındı. Ancak bu subaylar sorgularının ardından mahkemece serbest bırakıldı. Aramanın savcı yerine hâkim tarafından yapılmasının nedeni ise kozmik odada devlet sırrı kapsamında belgelerin olması gösterildi.
Arama 26 gün sürdü ve hâkim Kayan, aramalar kapsamında aldığı notları raporlaştırarak, savcı Bilgili’ye teslim etti. Savcı Bilgili, soruşturma kapsamında Genelkurmay ve Milli Savunma Bakanlığı’ndan bazı bilgi ve belgeler istedi. Bu aşamadan sonra, soruşturmadan ses çıkmadı. Savcılık kaynakları, soruşturmanın gizli olduğunu ve sürdüğünü belirtmekle yetindi. Süreç sonunda iddianame hazırlanıp dava açılmasının yanında, iddialarla ilgili takipsizlik kararı da verilebilir.