Faili meçhullerin artış gösterdiği 1990'lı yıllardaki kayıp kişilere yönelik başlatılan yargı süreci yeni bir aşamaya ulaştı. Ölüm kuyuları ile başlayan soruşturma çerçevesinde şimdi sıra 'kimsesizler mezarlıklarının' açılmasına geldi

Savcılığa başvuruda bulunan kayıp yakınlarından bazıları adres olarak kimsesizler mezarlığını gösterdi. Şırnak Barosu, Silopi'ye 7 kilometre mesafede bulunan Başköy'deki kimsesizler mezarlığının açılması için Silopi Cumhuriyet Savcılığı'na başvurdu. Başköy'deki kimsesizler mezarlığında 100'e yakın cesedin olduğu tahmin ediliyor. Diyarbakır'da da İHD, bölgedeki kimsesizlere ait mezarlıkların açılması için cumhuriyet savcılığının kapısını çaldı. Faili meçhullerin yaşandığı 1990'lı yıllarda yol kenarında bulunan cesetler farklı yerlere gömüldü. Bu alanlar, mezar sayısı arttıkça 'kimsesizler mezarlığı' olarak isimlendirildi. İddialara göre kimsesizlere ait mezarlıklar JİTEM infazları başladıktan sonra ortaya çıkmış.
'Kimsesizler mezarlığı' kavram olarak Güneydoğu'nun demografik yapısına uymuyor. Şırnak Barosu Başkanı Av. Nuşirevan Elçi bu ilginç durumu şöyle değerlendiriyor: "Eskiden böyle bir kavram yoktu zaten. Buralar küçük yerleşim alanları. Herkes birbirini tanır. Kimsesiz biri yoktur ki, mezarlığı olsun. Bölgede kimsesizler mezarlığı olgusu infazlarla birlikte başladı."
İddialara göre kimsesizlere ait mezarlıklar JİTEM infazları başladıktan sonra ortaya çıkmış. Bölgede yaşayanların anlattığına göre JİTEM, insanları kaçırdıkları yerden uzaklarda infaz ediyordu. Örneğin 1994 yılında Diyarbakır'da kaçırılan Murat Aslan'ın cesedi Şırnak Silopi'ye bağlı Çukurca köyünde bulundu. Çukurca köyünde yaşayan vatandaşlar 1994 yılında yanmış halde buldukları cesedi 'kimsesiz' diye gömmüştü. 2004 yılında savcılık kararı ile açılan mezardan çıkarılan cesedin Murat Aslan'a ait olduğu DNA testi ile belirlendi.